Para evitar la ejecución de software malicioso al conectar un pendrive a tu equipo o al conectar un equipo a una unidad de red o al introducir un CD, etc., es recomendable deshabilitar la funcionalidad de ejecución automática en Windows y para ello en el siguiente enlace Microsoft explica como hacerlo en cualquier de sus sistemas operativos: Como deshabilitar la funcionalidad de ejecución automática en windows